João Cavalcante jvfe

Este é um guia básico para configurar algumas configurações básicas para executar pipelines Nextflow no NPAD.

Primeiro, estou assumindo que sua análise ocupará mais de 9 GB (sua cota de espaço no diretório home), então você precisará usar o disco scratch para armazenar os resultados e as imagens Singularity.

0. Instalar conda e nf-core

Aqui, recomendo usar o conda para instalar o Nextflow e o nf-core.

Baixe e instale o conda: https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

	import pandas as pd
	import datetime

	def get_covid_data_jhu(dt_ini, dt_fim, us_columns = True, country = None):

	date_range = pd.date_range(start = dt_ini, end = dt_fim).to_list()
	string_range = [str(d.date().strftime("%m-%d-%Y")) for d in date_range]

	full_data_list = []
	for dat in string_range: