Es posible que se realicen cambios en las dos ramas que generen conflictos a la hora de integrarlas (p.e. si se crea un archivo con el mismo nombre en las dos ramas o si se cambia la misma línea de un archivo). En este caso es necesario solucionar los conflictos a la hora de hacer el git merge.

Por ejemplo, suponiendo que en master se creó un archivo llamado prueba.txt con un texto Hola desde master y en mi-rama se creo otro archivo con el mismo nombre pero el texto Hola desde mi-rama, al hacer el git merge veríamos lo siguiente en la consola:

$ git checkout master
$ git merge mi-rama
Auto-merging prueba.txt
CONFLICT (add/add): Merge conflict in prueba.txt
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.

La línea 4 nos dice que existe un conflicto en prueba.txt. Al abrir el archivo veríamos algo así:

<<<<<<< HEAD
Hola desde master
=======
Hola desde mi-rama
>>>>>>> mi-rama

Lo que está entre la línea 1 y 3 es lo que está en master y lo que está entre la línea 3 y 5 es lo que está en mi-rama. Para solucionar el conflicto debemos decidir qué vamos a dejar y qué vamos a eliminar.

Muy importante es siempre elimianar las líneas que definen los límites (las que comienzan con <<<<<<<, ======= y >>>>>>>).

Por ejemplo, asumiendo que queremos dejar las dos frases deberíamos modificar el archivo para que quede de la siguiente forma:

Hola desde master
Hola desde mi-rama

Una vez solucionado el conflicto debemos indicarle a git que ya lo solucionamos utilizando el comando git add y continuar con el merge.

git add prueba.txt
git commit -m 'Merge branch "mi-rama"'

Si omites el mensaje se abrirá el editor de texto por defecto para que lo ingreses.