fmatrix.py

• print data を print(data) に置換
• from six.moves import range を追加し xrange を range に置換

logging.py

python3 から logging が標準ライブラリにあります。import 時に衝突するため、別名に変更する必要があります。

lda.py

• from six.moves import range を追加し xrange を range に置換

• except getopt.GetoptError, err: を except getopt.GetoptError: に置換

• import cPickle as pickle を

if sys.version_info.major == 3:
    import pickle
else:
    import cPickle as pickle

に置換

• lexicon 関数の v = None を v = -1 に置換。python3 だと max(word) > v でエラーになります。
• logging を別名に変更