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Soh Ishiguro soh-i

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@StopCodonfm
StopCodonfm / StopCodonfm_Ep5_ShowNotes.markdown
Created July 19, 2021 15:32
Episode 5: Pica Pica AI, の Show notes です。(エビ)

Pica pica AI

Summary

インパクトのある論文を早期に予測する AI 論文、ニホンイトヨリ日本初確認とおもしろい学名、最近観た自然ドキュメンタリーについて話しました。

Starring

エビ、イシ

@soh-i
soh-i / blast.py
Created May 4, 2016 04:25
Blast parser
class BlastOut(object):
def __init__(self, line):
col = line.strip().split()
self.col_string = line.strip()
self.q = col[0]
self.s = col[1]
self.identity = float(col[2])
self.alignment_len = int(col[3])
self.mismatches = int(col[4])
self.gap_open = int(col[5])
@zachcp
zachcp / test.sam
Last active July 3, 2018 13:57
Test of Blast 2.2.31 -outfmt 15
@HD VN:1.2 GO:query
@SQ SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
@SQ SN:sp|P08100|OPSD_HUMAN LN:348
ref|NP_001009242.1| 0 sp|P08100|OPSD_HUMAN 1 255 348M * 0 0 * * AS:i:1808 EV:f:0 NM:i:0 PI:f:96.55 BS:f:701.049
sp|P56514.1|OPSD_BUFBU 0 sp|P08100|OPSD_HUMAN 1 255 333M1I8M5I7M * 0 0 * * AS:i:1560 EV:f:0 NM:i:6 PI:f:84.77 BS:f:605.52
gb|ADB45242.1| 0 sp|P08100|OPSD_HUMAN 11 255 328M * 0 0 * * AS:i:1625 EV:f:0 NM:i:0 PI:f:94.82 BS:f:630.558
@inutano
inutano / ajacs51_inutano.md
Created December 5, 2014 05:41

DDBJパイプラインとGalaxyによるデータ解析

情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大田達郎 [email protected]

prepared for AJACS岩手
December 5, 2014

@soh-i
soh-i / oop1.go
Created January 30, 2014 16:00
Getting started with OOP for go-lang
Area of r1 is: 24.000000
Area of r2 is: 2079.000000
Area of c1 is: 1134.114948
Area of c2 is: 1385.442360
@wakuteka
wakuteka / writeXStringset.R
Last active December 31, 2015 21:59
# パッケージのインストール
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")
# パッケージのロード
library(Biostrings)
# 読み込むmultifastaファイルの指定(ここでは組み込みのデータを使用)
# 例: inFileName <- "sample.fasta"
@Shinpeim
Shinpeim / 00.md
Last active October 31, 2024 05:59
Scala 入学式の資料

Better Java としての Scala

Hello World

  • src/main/scala/Main.scala
object Main {
  def main(args: Array[String]): Unit = {
    println("hello scala!")
@yuugit
yuugit / adj_iter.py
Created July 18, 2013 06:01
an util for networkx
def adj_iter(network, x):
u"""network のノード x に隣接するエッジのイテレータを返す。
素の edges_iter は存在しないノードに対してエラーを吐き面倒なので
このジェネレータ関数で回避する。
"""
if network.has_node(x):
for t in network.edges_iter(x):
yield t
else:
@soh-i
soh-i / call.py
Last active December 19, 2015 17:58
recall/precision/f-measureを実装してみる
#!/usr/bin/env python
import random
try:
from benchmarking_test import BenchmarkTest
except:
raise ImportError
@soh-i
soh-i / gist:5280135
Last active December 15, 2015 15:09
  • Replication speed => 100 nucleotide/sec
  • DNA size => 3*10^9
  • 3*10^9/(60sec*60min*24h*100) ≒ 350/replication origin